La production de millions de semis voués à la reforestation est affectée par les problèmes de pourritures racinaires. Afin de développer des agents de biocontrôle adaptés aux pépinières, nous criblons les populations de Pseudomonas spp. des rhizosphères d’épinettes provenant de pépinières et de milieu naturel, pour détecter des gènes de production d’antibiotiques. Nous avons isolé plusieurs souches portant des gènes de production de phloroglucinol, de pyrrolnitrine, de cyanure d’hydrogène et de phénazines. L’analyse de ces gènes montre que pour les producteurs de phloroglucinol, un génotype est dominant dans les pépinières, alors qu’un génotype différent est dominant chez les souches provenant de milieu naturel. Ces dernières possèdent également les gènes de synthèse de la pyrrolnitrine et leur capacité d’inhiber Cylindrocladium floridanum in vitro est supérieur. De plus, en se basant sur la séquence du gène phzC , nous avons isolé trois groupes de producteurs de phénazines, dont deux provenant de milieu naturel et un de pépinière. L’analyse du gène de la portion 16s de l’ARN ribosomal confirme que ces trois groupes appartiennent à différente espèces.

Fluorescent Pseudomonas spp. that produce antibiotics such as 2,4-diacetylphloroglucinol and phenazines show biocontrol activity against many important soil borne fungal pathogens. We isolated several strains of Pseudomonas carrying genes for DAPG and PCA synthesis from the rhizosphere of black spruce ( Picea mariana ) and white spruce ( Picea glauca ) in two different conifer nurseries and in one natural stand. Sequence analysis of a portion of the phlD gene revealed that one dominant genotype was present in both nurseries and that a different genotype was dominant in the natural forest. Strains from the natural forestwere also found to have the genes for pyrrolnitrin synthesis but lack pyoluteorin biosynthesis genes. Furthermore, in vitro anitfungal assays against Cylindrocladium floridanum showed a much stronger inhibition by strains isolated from natural forest than from nursery. Analysis of phenazine genes revealed 3 groups of phenazines-producers; one from a nursery and two from natural stand.

Le présent mémoire comprend deux chapitres, dont un sera présenté sous forme d’article scientifique et sera soumis à la revue ‘’ Applied and Environmental Microbiology’’. Cet article représente la synthèse de toutes les recherches entreprises pendant cette maîtrise. L’auteur de ce mémoire sera donc le premier auteur de cet article, les autres étant Louis Bernier et Richard C. Hamelin, respectivement co-directeur et directeur de cette recherche.

Ce projet de recherche n’aurait pu être complété sans l’aide et le soutien de certaines personnes. Il m’est donc impossible de continuer sans les remercier. Avant tout, mes remerciements vont à mes parents Monique Dutil et Serge Allaire, pour leur soutien ininterrompu sans lequel je ne serais assurément pas en train d’écrire ces lignes. Ensuite, je souhaite remercier sincèrement mon directeur de recherche, Richard Hamelin, ainsi que mon co-directeur, Louis Bernier pour m’avoir fait confiance dans la réalisation de ce projet et pour m’avoir permis de réaliser un projet aussi captivant. Également, je dois remercier mes collègues de travail : François Paradis, David Joly, Guillaume Bilodeau, Josée Grondin, Franck Stefani, Marie-Josée Bergeron, Josyanne Lamarche, Nicole Lecours et Martin Bourassa. Ces personnes ont su créer une ambiance de travail agréable et stimulante. Finalement, je tiens à remercier le réseau Biocontrôle pour le financement de ce projet.