Dans la présente conclusion, nous allons :

(1) Rappeler les principales conclusions auxquelles nous sommes arrivées au fil de notre examen du débat en taxinomie.

(2) Faire une brève incursion du côté de certaines avenues de recherche en biologie qui, en remettant en cause l'explication néodarwinienne du moteur de l'évolution, pourraient avoir une répercussion sur la taxinomie du 21ième siècle. En effet, certains pensent que la taxinomie devrait chercher à devenir rationnelle au lieu de se contenter d’être seulement historique faute de mieux (Goodwin, 1982).

1. Les conclusions

• Les trois écoles ont comme objectif commun de fournir un système général de référence aux autres biologistes afin de faciliter leurs travaux expérimentaux (utilité théorique et utilité pratique).

• Les trois écoles poursuivent des buts différents. La classification évolutionniste s'est donnée comme mission d'illustrer l'histoire évolutive, la systématique phylogénétique cherche à refléter la succession des épisodes de cladogenèse et la taxinomie numérique vise à construire des classifications qui soient conformes à notre façon d'appréhender le monde.

• L'autorité accordée à la critique de l'essentialisme vient pour une large part de l'influence de la thèse ontologique nominaliste qui a contribué :

• À définir le concept d'essence critiqué, c'est-à-dire comme un ensemble de traits nécessaires et suffisants fixés de toute éternité ;

• À préciser, en pratique et en théorie, à quel type de division d'un tout en parties les taxinomistes doivent recourir s'ils veulent que leurs divisions soient jugées naturelles, c'est-à-dire la division d'un tout en parties constitutives. Le recours aux privations est éliminé dans la mesure du possible parce qu'il n'a aucun fondement naturel tandis que la division d'un genre en espèces est tout simplement ignorée

• Les taxa supérieurs sont avant tout conformes à notre façon d'ordonner le monde pour la taxinomie numérique qui cherche à mettre en ordre les animaux dans une classification qui soit à la fois stable et facile d'utilisation (convenient) en formant des taxa phénétiques polythétiques. Cela ne veut pas dire que la délimitation des taxa supérieurs soit complètement indépendante de la réalité, seulement qu'elle se fait en fonction de leur capacité à faciliter la généralisation ;

• Les taxa supérieurs sont des unités de l'histoire et non pas de l'évolution pour Wiley (1981) et Mayr et Ashlock (1991). Ils ne sont ni des individus ni des classes, mais plutôt des groupes historiques qui présentent certaines des caractéristiques d'un individu sans les posséder toutes. Toutefois, le concept de groupe historique se présente comme la seule solution possible pour échapper à l'anti-réalisme pour la systématique phylogénétique. Tandis que pour la classification évolutionniste, le concept de groupe historique se veut une façon de résister à l'anti-réalisme épistémologique, de pair avec la notion de grade évolutif ; qui est une autre façon, pour elle, de reconnaître que l'existence de certains taxa supérieurs est, de fait, presque sinon autant, objective que celle des espèces (taxa).

• La taxinomie numérique se sert à la fois de la précision qu'offre la quantification et de la crédibilité dont bénéficie l'application des règles de l'analyse statistique comme parade à la subjectivité. Elle fait donc sienne la pensée instrumentale qui voit dans les mathématiques la base sur laquelle l'entreprise scientifique doit s'asseoir ;

• La systématique phylogénétique propose plutôt une méthode d'analyse des caractères (base observationnelle), complétée par des règles et des conventions obligatoires, qui fait en sorte que la taxinomie s'appuie seulement sur des hypothèses de proche parenté dans l'établissement des classifications naturelles. En agissant de la sorte, la taxinomie répondrait, pour son plus grand bien, au critère de démarcation énoncé par Karl R. Popper et acquerrait le statut de science en plus d'être débarrassée de l'obligation de recourir abusivement à l'art du taxinomiste expérimenté ;

• L'approche procédurale — taxinomie numérique et systématique phylogénétique confondues — semble avoir trop tendance à faire de l'entreprise scientifique un mécanisme bien huilé qui pourrait à la limite se passer de l'intelligence humaine, ce qui semblent être contredit par à ce qu'enseigne, à tout le moins, une certaine histoire des sciences (Feyerabend, 1979, Kuhn, 1972 ; Lakatos, 1970) ;

• La classification évolutionniste opte pour une approche stratégique, c'est-à-dire que toute la procédure taxinomique doit être orientée vers l'atteinte d'un but. Elle n'enferme pas les taxinomistes dans un carcan trop rigide, elle leur demande seulement de ne jamais perdre de vue le but bien précis que tous taxinomistes devraient poursuivre tout en respectant au mieux de leur connaissance les critères d'une bonne classification, c'est-à-dire utilité générale, stabilité et rigidité. En agissant de la sorte, les classifications auront alors une valeur explicative et prédictive et, seront donc, à tout le moins, provisoirement heuristiques.

2. La taxinomie rationnelle : Une solution au débat ?

Certes, il n'appartient pas aux philosophes de trancher un débat en science puisque le rejet de l’explication d’un phénomène quelconque et son éventuel remplacement par une autre explication ne relèvent pas de la philosophie mais bien des sciences expérimentales. Par contre, cela ne doit pas nous empêcher de parler des avenues de recherche autres que celles qui dominent, en autant, toutefois, qu’elles trouvent un écho au sein de la communauté scientifique.

Or, nous croyons que c’est justement le cas pour la taxinomie rationnelle.

En effet, la biologie du développement (embryologie^[203]) remet les notions de bauplan (Hall, 1996) et de type (Webster et Goodwin, 1996) à l'avant-scène ou à tout le moins tend à montrer que tout n'aurait pas été dit sur leur sujet. Sans affirmer que les notions de bauplan et de type sont identiques à la notion aristotélicienne de nature, elles semblent à tout le moins avoir un même souci de rendre compte de la diversité et de la ressemblance des formes animales sans recourir exclusivement à la contingence historique.

Goodwin (1982) soutient :

• Que le programme de recherche néodarwinien ne peut mener qu'à une taxinomie historique, à une généalogie des espèces (historical taxonomy, a genealogy of species);

• Que pour avoir une taxinomie rationnelle, il faudrait que la biologie développe une théorie des formes organiques un peu à l'image de la théorie atomique (theory of atomic structure)^[204].

De fait, d'autres biologistes oeuvrant en dehors du paradigme néodarwinien ont proposé des solutions de rechange à l'explication néodarwinienne du moteur de l'évolution, qui semblent répondre à cet appel de la biologie du développement à une théorie des formes organiques. En voici deux parmi tant d'autres qui nous paraissent intéressantes et sérieuses^[205] :

(1) La division du travail métabolique par l'allongement de l'ontogenèse rend compte de l'apparition très tôt des grands embranchements, ensuite des classes, des ordres, des familles, des genres concurremment à la diversification par la multiplication des espèces (Chandebois, 1993).

(2) Le préarrangement de l'espace de l'ADN conduit inéluctablement à la découverte successive d'îlots de fonctions biologiques préexistants et à l'édification des grandes branches de l'arbre de la vie sur Terre, soit les grandes divisions (Denton, 1997).

Seules les recherches empiriques pourront nous dire ce qu’il adviendra de ces explications. Il ne fait aucun doute que le projet d'une taxinomie rationnelle est ambitieux et surtout loin d'être assuré. En effet, la taxinomie rationnelle remet en cause la Théorie Synthétique de l'Évolution, qui compte de nombreux partisans et un immense pouvoir heuristique. De plus, bien qu’elle ne nie pas le transformisme, elle semble néanmoins toucher à un corollaire important du néodarwinisme, c'est-à-dire le contingentisme.

Or, avec la remise en cause du contingentisme, se profile à l'horizon le difficile débat entre les partisans du design et ceux de la contingence, qui baigne depuis toujours dans une atmosphère davantage propice à la rhétorique qu’à la dialectique. De fait, se mêlent à la discussion rationnelle le scientisme, l’anticléricalisme, le fondamentalisme religieux et le retour à la terre. Par conséquent, il devient très rapidement impossible de discuter sans être accusé d’apporter de l'eau au moulin à l'une ou l'autre de ces idéologies.

Ceci montre bien que le problème de la classification en zoologie est beaucoup plus vaste que l’on pourrait le croire de prime abord. Il ne se limite pas à un débat en science puisqu’il met aussi en jeu — en plus des considérations épistémologiques, ontologiques et biologiques — des considérations théologiques et éthiques.

En effet, le regard que l'on porte sur les animaux diffère selon qu'on les considère comme des substances (des touts) ou bien comme des agrégats (plus ou moins une construction de la raison), c'est du moins une des thèses de Bortoft (1996). De même, (on aurait presque le goût de dire par voie de conséquence), l'aspect irremplaçable de chaque être humain, comme principe éthique (Kemp, 1997), ne semble pas avoir la même force de conviction selon que l'on considère l'être humain comme une substance ou comme un agrégat. L'inviolabilité de l'intégrité de l'être humain ne rencontre pas les mêmes obstacles. Dans le premier cas, ils semblent être plus fondamentaux tandis que, dans le second, ils paraissent davantage relever de la technique (voir Stock, 2002).

En terminant, nous sommes parfaitement conscient qu'un bon nombre des affirmations que contient notre thèse bénéficieraient d'un argumentaire davantage étoffé. De fait, comme suite possible à notre travail, le concept aristotélicien de nature mériterait d'être creusé davantage dans le cadre d'une étude critique des tenants et aboutissants de la taxinomie rationnelle et des recherches dans le domaine de l'evolutionary developmental biology (evo-devo).